Seperti namanya, Kepulauan Seribu memiliki banyak pulau yang dapat disinggahi. Selain tempat bersejarah, Kepulauan Seribu memiliki berbagai penangkaran penyu, konservasi terumbu karang, hutan mangrove, pohon kelapa, dan hutan bakau yang merupakan keunikan dari Kepulauan Seribu.